Nach dem höchst emotionalen Ende der 12. Bergdoktor-Staffel, wird sich am Gruberhof einiges ändern. Onkel Ludwig ist nicht mehr da und auch Martins Bruder Hans verlässt sein Zuhause, um zu seiner Freundin Susanne und seiner Tochter auf den Gasthof zu ziehen. Dafür ist jetzt Anne zurück auf dem Gruberhof, die zusammen mit Lisbeth den Hof bewirtschaftet und die Grubermilch zu einem Erfolgsprodukt machen will.

Die erste Folge von Staffel 13 beginnt außerdem mit einem Zusammenbruch auf einer Alm. Bernd Tannhöfer, Inhaber einer Käserei, bricht zusammen. Kurz danach geht es auch seinem Sohn immer schlechter. Leiden die beiden unter einer Vergiftung oder steckt doch was ganz anderes dahinter?

Bereits im Februar 2019 fiel die Klappe für das Winterspecial mit dem Arbeitstitel "Die dunkle Seite des Lichts" mit Simon Böer. Er spielt Hannes Brandt, einen alten Freund von Martin Gruber. Hannes sorgt sich um Tochter Nathalie (Emilia Bernsdorf), die 17-Jährige leidet seit dem Tod ihrer Mutter an extremer Sonnenempfindlichkeit und schottet sich von der Außenwelt ab.
Erst mit Hilfe ihres neuen Freundes Tim (Lennart Betzgen) schafft Nathalie es, ihre Isolation zu verlassen. Als Tim bei einem ihrer Ausflüge im Eis einbricht, hält Nathalie ihn über Wasser, bis die Retter eintreffen. Trotz Kälte und grellem Sonnenlicht, das sie gar nicht wahrnimmt. Während Tim im Krankenhaus um sein Leben kämpft, stößt der Bergdoktor auf Unstimmigkeiten in Nathalies Krankengeschichte…