Joaquin Phoenix ist nicht der einzige Schauspieler der Familie. Seine Eltern finanzierten sich zuvor durch Gelegenheitsjobs ihr Hippie-Leben und traten 1973 der Sekte Kinder Gottes bei. Als sie dieser 1978 den Rücken kehrten, war das Geld knapp. Der Vater arbeitete als Gärtner und die Mutter als Sekretärin beim NBC. Die Mutter verschaffte ihm und allen seiner vier Geschwister River, Rain, Liberty und Summer ab 1979 Rollen in mehreren TV-Werbespots und wurden so entdeckt. Die steilste Karriere in jungen Jahren legte nicht Joaquin hin, sondern sein älterer Bruder River Phoenix. Seine Karriere fand 1993 ein verfrühtes Ende durch seinen tragischen Tod.

Der Lebensstil seiner Eltern prägt den ältesten Sohn am meisten. Schon früh in seinem Leben zieht er oft um, bis er irgendwann in einer Sekte landet. Dort war es den Kindern nicht erlaubt, in die Schule zu gehen, weshalb die Eltern sie selbst unterrichteten. Vor allem genossen sie Unterricht in Kunst. Die "Kinder Gottes"-Sekte um David Berg steht später in den Schlagzeilen für sexuellen Missbrauch, besonders an Kindern. Laut der Vanity Fair wurde River in jungen Jahren Opfer der sexuellen Praktiken der Sekte. Joaquin verbindet seine Vergangenheit dort eher mit positiven Erinnerungen und erinnert sich daran, dass seine Eltern als sie davon erfuhren, der Sekte direkt den Rücken kehrten. Trotzdem behielt River einige Grundlagen seiner Erziehung als Erwachsener bei, lebte vegan und engagierte sich für den Tierschutz. 1986 hatte er seine Durchbruchsrolle in "Stand by Me" und wurde ab diesem Zeitpunkt zum Teenieschwarm und vielversprechenden Schauspieler.

Mit 23 arbeitete er an dem Film "Dark Blood". Bis zu diesem Zeitpunkt hatte er eine starke Drogenabhängigkeit entwickelt. Gleichzeitig war er das einzige Geschwisterkind, das sich in Hollywood hochgearbeitet hatte und war so der Höchstverdiener der Familie. Während der Dreharbeiten zum Westernfilm sei er aber clean gewesen. Da er für einige Aufnahmen nicht gebraucht wurde, ging er am 26. Oktober 1993 zurück nach Kalifornien, wo er rückfällig wurde und offenbar extrem viele Drogen einnahm. In der Nacht zu Halloween 1993 ging der Schauspieler mit seiner damaligen Freundin Samantha Mathis im Club "The Viper Room" feiern. Auch Joaquin und seine Schwester Rain waren dabei. Der Club gehörte damals Johnny Depp und bot Berühmtheiten einen ungestörten Ort ohne Presse. Ein paar Stunden später fand seine Freundin ihn, nach einer Toilettenpause mit Zuckungen am Boden wieder. Sein Bruder Joaquin rief dann den Notruf, allerdings schafften die Sanitäter nicht rechtzeitig zum Club, bevor River starb. Der abrupte Tod ist auf einen Drogencocktail zurückzuführen, der sich in seinem Blut nachweisen ließ.

Joaquin erinnert sich gerne an seinen Bruder zurück. Der Vanity Fair erzählt er, dass sein Bruder immer wusste, dass der "Joker"-Darsteller eines Tages berühmter sein würde als er selbst: "Er hat mir empfohlen, meinen Namen (von Leaf) wieder in meinem ursprünglichen Namen zu ändern. Ein sechs Monate später sagte er zu mir in der Küche 'Du wirst Schauspieler werden und viel bekannter werden, als ich es bin.'" Und er sollte recht behalten.